Hút thuốc lá tăng cường các axit béo chuỗi ngắn có lợi như axit axetat và axit butyric ở bệnh nhân UC, cải thiện tính toàn vẹn của hàng rào ruột và tác dụng chống viêm.
Hút thuốc lá thúc đẩy sự xâm nhập của vi khuẩn miệng, đặc biệt là Streptococcus mitis, vào niêm mạc đại tràng của bệnh nhân UC nhưng kích hoạt phản ứng miễn dịch bất lợi ở CD.
Trong mô hình chuột, sự xâm nhập của S. mitis giảm viêm ở UC nhưng làm trầm trọng thêm bệnh ở CD, một phần thông qua việc điều chỉnh tế bào T hỗ trợ 1 và tế bào T CD8+ sản xuất interferon-gamma.
Hydroquinone, một hợp chất thơm từ khói thuốc lá, giúp vi khuẩn miệng xâm nhập và có thể được sử dụng như một phương pháp điều trị mô phỏng để tận dụng lợi ích của hút thuốc mà không gây tác hại.