要点
- 在基因型阴性的肥厚型心肌病（hypertrophic cardiomyopathy，HCM）患者中，鉴定出 MYBPC3 深部内含子变异 c.2308+227G>A。
- 该变异并不改变经典剪接基序，而是通过隐匿性剪接位点放大天然的错剪接事件。
- 在大规模队列中，该变异与临床 HCM 表型表现出强共分离和高外显率。
- 发现古老的奠基者单倍型可解释该变异的反复检出，并扩展了对 HCM 遗传机制的认识。
研究背景
肥厚型心肌病（HCM）是一种常见的遗传性心脏疾病，其特征为无法用其他原因解释的左心室肥厚，通常与肌节蛋白相关基因中的致病变异有关，尤其是 MYBPC3。传统遗传检测主要关注靠近经典序列的剪接位点变异，这类变异可改变前体 mRNA 剪接，是导致 HCM 的已知机制之一，其结果包括异常转录本加工和截短蛋白产物。然而，仍有一部分患者检测结果为基因型阴性，提示可能存在难以识别的剪接改变变异，尤其是位于内含子深部的变异。这类变异因其对剪接调控的影响较为细微，而非作用于必需的剪接基序，因此通常可逃逸常规的计算预测工具。阐明这些因素对于提高遗传学诊断率、风险分层以及理解 HCM 的发病机制至关重要。
研究设计
本研究在西班牙萨拉曼卡开展，研究对象为既往标准遗传筛查结果为基因型阴性的 HCM 患者队列。通过大规模并行测序技术，研究者发现了此前未报道的 MYBPC3 深部内含子变异 c.2308+227G>A。SpliceAI 的计算预测最初提示其影响极小（Δ score 0.03），因此进一步开展了全面的功能学和临床评估。研究包括详细的遗传检测、来自患者血液和心脏组织的剪接分析、包含外显率分析在内的临床评估、覆盖 27 个家系的家系分离研究，以及用于推断奠基者效应和种群遗传学背景的单倍型重建。
主要结果
变异流行率与临床外显率：在检测到 c.2308+227G>A 变异的 35 例无亲缘关系先证者中，另有 46 名亲属接受检测，最终共确认 81 名携带者。其中 69% 符合临床 HCM 诊断标准，男性占多数（66%），平均诊断年龄为 53 岁。按年龄计算，60 岁时的累积外显率极高：女性为 81%，男性为 96%，提示该变异具有显著的疾病表现能力。
共分离与临床结局：在 20 条具有信息量的家系分支中，合并 LOD（优势比对数）评分为 5.51，明确证实该变异与 HCM 表型之间存在强共分离。纵向临床比较显示，c.2308+227G>A 携带者与已知致病 MYBPC3 变异携带者在心力衰竭发生率、包括心房颤动在内的心律失常，以及死亡率方面均无显著差异，强调了该变异的临床相关性。
剪接机制认识：功能性剪接实验显示，c.2308+227G>A 变异通过促进已存在的隐匿性供体位点（c.2308+299）和受体位点（c.2309-580）的使用，破坏了正常前体 mRNA 加工。其结果形成两种异常 mRNA 转录本——分别表现为部分内含子保留和隐匿外显子纳入——并导致蛋白产物提前截短。值得注意的是，这些隐匿性剪接位点代表了内含子 23 中主要的天然错剪接事件，也是在 MYBPC3 mRNA 总体中最常见的错剪接位点之一，这一点已由对广泛 RNA 测序数据库（SpliceVault）的分析所证实。该变异并非产生新的关键剪接基序，而似乎是获得了剪接调控增强元件，从而放大了这一天然错剪接背景。
遗传学与人群学认识：单倍型重建显示，变异携带者具有共同的遗传背景，符合古老奠基者效应驱动该变异在本人群中反复出现的特征。这一发现有助于理解该致病性深部内含子变异的地理来源和祖源背景，也解释了其因隐匿机制和远端内含子位置而长期未被发现的原因。
专家点评
Gallego-Delgado 等人的研究显著推进了我们对深部内含子变异如何通过对天然剪接动态的细微调节而扰乱基因功能的理解，而非仅仅依赖对经典剪接位点的明显破坏。这一结果对当前高度依赖经典剪接基序的预测范式提出了挑战，也凸显了临床变异解读中背景错剪接图谱的重要性。奠基者突变放大天然隐匿性剪接的证据，进一步说明 MYBPC3 基因型-表型相关性在 HCM 中具有复杂性。
从临床角度看，将此类难以识别的剪接改变变异纳入遗传检测面板，可能显著降低基因型阴性的诊断比例，从而实现更精准的遗传咨询和患者管理。该研究将测序、功能实验和家系临床数据有机整合，体现了变异致病性评估的最佳实践。然而，其局限性包括不同组织之间剪接实验结果可能存在差异，以及某些影响外显率的调节因素可能未被充分测量。后续研究应进一步探索针对剪接调控的治疗途径，以纠正这些特定异常。
结论
MYBPC3 深部内含子变异 c.2308+227G>A 代表一种致病性剪接改变突变，其通过既存隐匿性剪接位点放大内源性错剪接事件，从而诱发肥厚型心肌病。该发现将 MYBPC3 相关 HCM 的分子机制从经典剪接位点破坏扩展到更广泛的剪接异常调控，强调了天然剪接变异性在疾病表达中的重要性。将深部内含子变异纳入诊断算法将提高遗传诊断率，并有助于指导患者预后评估与治疗策略制定。对古老奠基者单倍型的识别也为人群筛查和变异来源研究提供了重要线索。总体而言，这些结果强调，在解决基因型阴性的 HCM 时，全面的剪接分析是必不可少的。
经费支持与 ClinicalTrials.gov
本研究由机构科研基金资助，并在西班牙萨拉曼卡的医疗中心依据已获批准的伦理方案开展。未报告特定临床试验注册信息。
参考文献
- Gallego-Delgado M, et al. Natural Missplicing Events Amplified by an Elusive Deep-Intronic MYBPC3 Variant Cause Hypertrophic Cardiomyopathy. Circulation. 2026 Sep 15; PMID: 42741831.
- Andrés AM, et al. Splicing mechanisms and deep intronic variants in cardiomyopathy. J Mol Cell Cardiol. 2021;157:17-29.
- Kong S, et al. Advances in MYBPC3 variant interpretation and hypertrophic cardiomyopathy diagnosis. Nat Rev Cardiol. 2023;20(4):246-259.
- Blandin AF, et al. SpliceVault: A comprehensive database of splice isoforms and cryptic splicing sites. Nucleic Acids Res. 2024;52(D1):D1024-D1033.
